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根据职责要求,市卫生和计划生育局设14个内设机构: 
  (一)办公室。 
  综合协调机关政务、事务工作,负责文电、会务、机要、档案等机关日常工作;承担信息、安全、保密、政务公开、信访、后勤管理、建议提案办理等工作;开展卫生和计划生育方面的对外交流与合作。 
  (二)规划财务科。 
  拟订卫生和计划生育事业中长期发展规划,统筹规划与协调卫生和计划生育资源配置,管理大型医用装备的配置;负责医疗设备、医用耗材招标工作;监管市级卫生事业经费、直属单位基本建设项目和国有资产;协同管理卫生医疗服务价格和规范服务行为;指导基层卫生和计生机构建设;指导、监督计划生育经费、奖励扶助经费、社会抚养费及市级卫生事业经费的管理使用,推动完善卫生和计划生育事业经费投入机制;负责机关和指导直属单位财务、内部审计工作。 
  (三)统计信息与考核评价科。 
  承担卫生和计划生育的信息化建设和统计工作,加强全员人口信息系统建设,参与全市人口基础信息库建设;参与人口统计数据分析和人口变动抽样调查;开展对人口规模、趋势、素质、结构等的研究并提出工作建议;组织实施计划生育目标管理责任制考核、经常性检查及年终考核工作;研究和完善计划生育目标管理责任制;指导县镇级实施计划生育一票否决制。 
  (四)政策法规与综合监督科(食品安全风险监测评估科)。 
  协助局领导组织综合性政策调研,拟订卫生和计划生育工作重大政策;组织拟订卫生和计划生育、中医药的地方性政策和标准;承担有关规范性文件的合法性审核工作;承担有关行政复议和行政应诉工作;指导卫生和计划生育系统法制宣传教育;指导卫生和计划生育系统落实执法责任制;组织协调落实本部门执法责任制;组织推进本部门行政审批制度改革及职能转变相关工作;承担公共卫生、医疗卫生、计划生育综合监督和具体的行政执法工作;按照职责分工承担职业卫生、放射卫生、环境卫生、学校卫生和计划生育的监督管理,组织开展公共场所、饮用水安全、传染病防治监督检查;督办重大违法案件,指导规范综合监督执法行为;组织开展食品安全风险监测与评估。 
  (五)疾病预防控制科(卫生应急办)。 
  拟订重大疾病防治规划、免疫规划和严重危害人民健康的公共卫生问题的干预措施并组织实施;完善疾病防控体系,防止和控制疾病的发生和疫情的蔓延;承担发布法定报告传染病疫情信息工作和市人民政府防治艾滋病工作委员会的日常工作。拟订卫生应急和紧急医学救援规划、制度、预案和措施;组织协调与指导各地突发公共卫生事件的预防准备、监测预警、处置救援、分析评估等卫生应急活动;组织实施对突发急性传染病防控和应急措施;对重大灾害、恐怖、中毒事件及核事故、辐射事故等组织实施紧急医学救援;发布突发公共卫生事件应急处置信息。 
  (六)爱卫办。 
  负责制订爱国卫生工作规划;负责全市爱国卫生运动的组织、协调、检查、监督、指导工作;组织开展创建卫生城市和卫生镇、村活动,承担农村改水改厕、除害防病等工作;承担市爱国卫生运动委员会的日常工作。 
  (七)医政科(市公民无偿献血办公室)。 
  拟订医疗机构、医疗技术应用、医疗质量和服务、采供血机构管理等有关规章、规范、标准,并组织指导实施;承担建立医疗机构医疗服务评价和监督体系的有关工作;承担医疗机构评审、重大活动医疗保障协调工作;拟订医务人员执业标准和服务规范;指导医院药事、医院感染控制、医疗急救体系建设、临床实验室管理等有关工作;承担市公民无偿献血委员会的日常工作;统一规划并负责组织、协调有关部门共同做好全市无偿献血工作,依法监督管理献血、用血工作。 
  (八)医改办。 
  承担市深化医药卫生体制改革工作领导小组的日常工作;研究提出贯彻落实国家和省深化医药卫生体制改革政策的措施和建议,对全市医改工作进行调研、检查、指导、推进,督促落实领导小组会议议定事项;承担组织推进公立医院改革工作。 
  (九)基层指导与妇幼健康服务科。 
  拟订农村卫生和社区卫生规章、规划、规范并组织实施,指导全市基层卫生服务体系建设和乡村医生相关管理工作,监督指导基层卫生政策的落实;指导和督促基层加强计划生育基础管理和服务工作,推进基层计划生育工作网络建设。拟订妇幼卫生、计划生育技术服务政策、规划、规范、标准;推进妇幼卫生和计划生育技术服务体系建设,承担并指导妇幼卫生、出生缺陷防治、人类辅助生殖技术管理和计划生育技术服务工作;依法规范计划生育药具管理工作;做好优生优育服务工作;指导、检查、督促节育手术并发症的预防、鉴定和治疗。 
  (十)计划生育家庭发展科。 
  贯彻落实促进国家、省计划生育家庭发展政策,建立完善并督促实施计划生育利益导向机制及特殊困难家庭扶助制度、计划生育奖励扶助政策;承担出生人口性别比综合治理工作。 
  (十一)流动人口计划生育服务管理科。 
  指导实施流动人口计划生育服务管理工作规划、政策;推动流动人口计划生育公共服务均等化;加强流动人口动态监测;指导各地建立流动人口卫生和计划生育信息共享和公共服务工作机制。 
  (十二)中医科。 
  贯彻执行国家和省有关中医药工作的方针政策和法律法规;拟订中医药事业发展规划;组织实施中医医疗、预防、保健、康复、护理及临床用药等的管理规范和技术标准;负责中医科研项目和中医药科研成果推广应用;管理各类中医、中西医结合、民族医的医疗机构,对其它机构的中医业务进行指导;拟订并实施中医、中西医结合研究和实验室的建设。 
  (十三)科技教育和宣传科。 
  拟订卫生和计划生育科技发展规划并组织实施;组织实施相关科研项目、新技术评估管理、适宜技术推广、科研基地建设;指导医疗卫生科研工作、技术推广和科学普及工作;组织指导医学重点专科、特色专科建设;承担医药卫生实验室生物安全的监督管理;组织指导卫生专业技术岗位培训工作;承担组织开展继续医学教育和毕业后医学教育工作;参与指导高等医学院校临床教学工作;拟订卫生和计划生育宣传、公众健康教育、健康促进的目标、规划、政策和规范,承担卫生和计划生育科学普及、新闻和信息发布、舆情监测工作。 
  (十四)人事科(与直属机关党委办公室合署)。 
  指导实施卫生和计划生育人才发展战略;会同有关部门组织实施各类卫生专业技术人员资格考试和评审工作;组织指导卫生和计划生育管理干部岗位培训工作;负责机关和指导直属单位的人事管理、机构编制、劳动工资、离退休人员服务和党群工作。 

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